Sekcja piłki ręcznej w klubie Nielba Wągrowiec powstała w 1960 r. W sezonie 2004/05 drużyna uzyskała promocję do I ligi.
W latach 2005–2009 Nielba należała do czołowych zespołów I ligi. W sezonie 2008/09 szczypiorniści z Wągrowca zajęli w tych rozgrywkach 1. miejsce, oznaczające awans do ekstraklasy.
W rundzie zasadniczej sezonu 2009/10 wągrowieccy szczypiorniści zajęli 7. miejsce, przystępując do gry w play-offach. W nich przegrali z Wisłą Płock i Travelandem-Społem Olsztyn, by następnie wygrać z Piotrkowianinem Piotrków Trybunalski i zająć w końcowej klasyfikacji 7. miejsce. W sezonach 2010/11 i 2011/12 Nielba kończyła rozgrywki na 10. miejscu w tabeli, oznaczającym grę w barażach o utrzymanie. W 2011 r. klub z Wągrowca pokonał w nich Gwardię Opole, zachowując miejsce w Superlidze. W 2012 r. uległ Czuwajowi Przemyśl, spadając do I ligi.
W sezonach 2012/13 i 2013/14 Nielba zajęła w I lidze 2. miejsce, uprawniające do gry w barażach o awans do Superligi. W 2013 r. drużyna z Wągrowca została w nich pokonana przez Chrobrego Głogów, natomiast w 2014 r. wygrała z Piotrkowianinem Piotrków Trybunalski, wracając tym samym do najwyższej klasy rozgrywkowej. W sezonie 2014/15 zajęła w niej 12. miejsce, spadając ponownie do I ligi.
W sezonie 2020/21 zespół awansował do Ligi Centralnej, w której gra do dziś.
Wychowankiem Nielby jest Artur Siódmiak, 133-krotny reprezentant Polski, olimpijczyk, V-ce Mistrz Świata z 2007 r.