Obecna Pogoń Szczecin (jako drużyna piłki ręcznej mężczyzn) powstała w 2007 r., ale historia szczecińskiego szczypiorniaka sięga 1954 r. Wówczas powstał męski zespół przy technikum wychowania fizycznego – Zryw Szczecin. W 1958 r. powstaje sekcja piłki ręcznej mężczyzn w Pogoni Szczecin. Szczypiorniści Pogoni w 1976 i 1992 r. zajęli 3. miejsce w ekstraklasie, a w 1987 r. zdobyli Puchar Polski. W 1994 r. sekcja przestaje istnieć i tworzy się osobny zespół, który w 1995 r. przystępuje do rozgrywek jako Paria Szczecin. W sezonie 1999/2000 drużyna spadła z najwyższej klasy rozgrywkowej, a w 2001 r. zespół przejął Łącznościowiec Szczecin.
W 2007 r. zawiązano nowy klub pod nazwą Pogoń Handball Szczecin, który w tym samym roku przystąpił do gry w II lidze. Zespół ma prawo używać herbu i nazwy „Pogoń”, tak więc jest kontynuatorem tradycji dawnej Pogoni. W latach 2010–12 Pogoń Szczecin ponownie występowała w I lidze. W 2012 r. zawodnicy z Pomorza Zachodniego awansowali do Superligi. W sezonie 2014/15 szczecinianie zajęli czwarte miejsce, gwarantujące występ w Pucharze EHF. Sezon 2022/23 zakończył się spadkiem Pogoni do Ligi Centralnej.
W latach 2019-21 w barwach Pogoni występował nasz bramkarz – Mateusz Gawryś.