Początki piłki ręcznej w Lubinie sięgają 1967 r. Właśnie wtedy powstała męska sekcja szczypiorniaka, utworzona w Zespole Szkół Górniczych w Lubinie. Do rozgrywek drużyna przystąpiła pod nazwą Górnik Lubin, a pierwszym trenerem został Szymon Kanigowski.
Awans do I ligi (wówczas najwyższa klasa rozrywek) piłkarze ręczni z Lubina, już pod obecną nazwą Zagłębie, wywalczyli w sezonie 1990/91. W sezonie 1992/93 lubinianie zdobyli Puchar Polski, pokonując w final four Chrobrego Głogów i Wybrzeże Gdańsk oraz remisując z Warszawianką Warszawa.
Mimo iż zawodnicy Zagłębia wiele razy stawiani byli w gronie faworytów do zdobycia medalu, ostatecznie musieli zadowolić się miejscem poza podium. Najbliżej sukcesu było w sezonach 1994/95, 2001/02 i 2003/04, wtedy lubinianie zajmowali miejsce czwarte.
W sezonie 2004/05 męska drużyna Zagłębia zdobyła pierwszy w historii sekcji medal Mistrzostw Polski i to od razu srebrny. Rundę zasadniczą lubinianie ukończyli za „wielką trójką”, czyli Wisłą Płock, Śląskiem Wrocław i Vive Kielce. Do historii klubu na stałe wpisał się sezon 2006/07. To wtedy Zagłębie, po raz pierwszy w historii piłki ręcznej w Lubinie, sięgnęło po tytuł Mistrza Polski.
Łącznie Zagłębie zdobyło w swej historii cztery medale Mistrzostw Polski, w tym jeden złoty, dwa srebrne i jeden brązowy, a także Puchar Polski w sezonie 1992/93.
Bramkarzem Zagłębia jest Damian Procho, grający w Padwie w sezonie 2020/21.